El hipotálamo es una región nuclear del cerebro que forma parte del diencéfalo, y se sitúa por debajo del tálamo.
Es la región del cerebro más importante para la coordinación de conductas esenciales, vinculadas al mantenimiento de la especie. Regula la liberación de hormonas de la hipófisis, mantiene la temperatura corporal, y organiza conductas, como la alimentación, ingesta de líquidos, apareamiento y agresión. Es el regulador central de las funciones viscerales autónomas y endocrinas.
El mesencéfalo o cerebro medio es la estructura superior del tronco del encéfalo; une el puente troncoencefálico o puente de Varolio y el cerebelo con el diencéfalo. Su eje longitudinal se inclina hacia atrás y los flagelos se alejan de la línea media en su ascenso por el foramen de Pacchioni para penetrar en el hemisferio cerebral correspondiente. El límite con el puente troncoencefálico está bien definido, por el surco pontomensencefálico y el límite superior está determinado por las cintillas ópticas. Está atravesado por un conducto estrecho, el acueducto de Silvio (acueducto cerebral), por donde circula el líquido cefalorraquídeo desde el tercer hacia el cuarto ventrículo.
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